Ingénieur / Ingénieure en bioinformatique et modélisation (H/F)

Pour postuler:

CV + LETTRE DE MOTIVATION + REFERENCE DE L’OFFRE à envoyer par mail à l’adresse indiquée.

LES CANDIDATURES INCOMPLETES NE SERONT PAS ETUDIEES

La personne recrutée sera hébergée au Laboratoire de Biométrie – Biologie Évolutive (LBBE), situé à Villeurbanne sur le campus LyonTech-La Doua.

Le LBBE est une unité mixte de recherche sous tutelle Université Lyon 1, CNRS et VetAgroSup.

Environ 200 agent.e.s participent à la recherche effectuée au LBBE en associant la modélisation mathématique et informatique à des questionnements en écologie évolutive, en génomique et en santé.

Les missions seront réalisées au sein de l’équipe "Modélisation et Écotoxicologie Prédictives" (MEPS, sous la supervision du Professeur Sandrine CHARLES.

Missions principales :
Le poste est proposé dans le cadre d’un contrat de service récemment conclu avec l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) (numéro OC/EFSA/SCER/2021/07) et intitulé "TKplate 2.0 : Une plateforme open source intégrant des modèles cinétiques et dynamiques basés sur la physiologie et des modèles d’apprentissage automatique pour l’évaluation des risques de produits chimiques et de facteurs de stress biologiques simples et multiples chez les espèces animales."
La personne recrutée aura pour mission(s) spécifique(s) la construction de modèles TKTD applicables à des oiseaux exposés à des produits phytopharmaceutiques, seuls ou en mélange, éventuellement en combinaison avec des perturbateurs environnementaux, leur implémentation dans un package R et l’interfaçage de ce package pour le web via la plateforme de service MOSAIC.
Le travail devra être mené en coordination avec le consortium international réuni pour le projet "TKplate 2.0" qui comprend tout un ensemble de compétences complémentaires dont il sera possible de bénéficier directement.

Activités principales de l’agent :

Développement et calibrage d’un nouveau modèle TKTD générique permettant d’inclure l’organotropisme

Validation du modèle sur une sélection d’études de cas identifiées au sein du consortium

Automatisation de l’utilisation de ce modèle TKTD générique dans un package R

Interfaçage web à l’utilisation du package via la plateforme MOSAIC

Logiciels ou matériels spécifiques utilisés : R, JAGS, STAN, SHINY

Conditions particulières du poste : Déplacements ponctuels à l’étranger et visio-conférences internationales

Descriptif du profil recherché
Diplôme requis pour les contractuels : Licence
Spécialité/domaine : Modélisation mathématique et inférence Bayésienne

Compétences attendues :
Modélisation mathématique (théorie des systèmes dynamiques)
Mise en œuvre de l’inférence Bayésienne via JAGS et/ou STAN
Développement logiciel
Programmation avec le logiciel R
Gestion de données selon les principes FAIR
Rédaction scientifique et technique
Gestion de versions
Notion d’écologie ou écotoxicologie Connaissances :
Anglais niveau C1
Modélisation toxicocinétique-toxicodynamique
Principes de l’inférence Bayésienne
Progammation web

Savoir être :
Travail en équipe
Rigueur scientifique
Autonomie
Créativité

Rigueur